Οι ακαδημαϊκές και λοιπές λειτουργίες του Ιδρύματος στηρίζονται διοικητικά από τις Διοικητικές Υπηρεσίες, οι οποίες διαρθρώνονται σύμφωνα με τον Οργανισμό των Διοικητικών Υπηρεσιών (Π.Δ. 185/1999, ΦΕΚ 173) και τον εσωτερικό κανονισμό του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
Οι διοικητικές υπηρεσίες αποτελούνται από δύο γενικές διευθύνσεις
- Γενική Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών και Ακαδημαϊκών Υποθέσεων και
- Γενική Διεύθυνση Οικονομικής Διαχείρισης, Προγραμματισμού και Ανάπτυξης
Επίσης από δυο διευθύνσεις
- Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών και
- Διεύθυνση Κεντρικής Βιβλιοθήκης
Και τέλος από τη Νομική Υπηρεσία και δεκατρία Ανεξάρτητα Τμήματα