Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων ιδρύθηκε με τον Ν. 4559/2018 (ΦΕΚ Α΄ 142/03-08-2018). Σε αυτό εντάχθηκαν από 1.10.2018 το προσωπικό και οι φοιτητές του τμήματος Λαϊκής και Παραδοσιακής Μουσικής του πρώην ΤΕΙ Ηπείρου, το οποίο είχε ιδρυθεί με το ΠΔ 200/6-9-1999.
Οι στόχοι και σκοποί του Τμήματος Μουσικών Σπουδών επικεντρώνονται στη μουσικολογική εκπαίδευση των φοιτητών με βάση μια οργανοκεντρική προσέγγιση, που περιλαμβάνει μουσική πράξη. Η μουσική αντιμετωπίζεται ως συνολικό κοινωνικό φαινόμενο, πλαισιωμένη όχι μόνο από το θεωρητικό της υπόβαθρο, αλλά και από την πλευρά της ιστορίας, της ανθρωπολογίας, της επικοινωνίας και των πολιτισμικών σπουδών. Ιδιαίτερα όσον αφορά το αντικείμενο των προφορικών μουσικών παραδόσεων, οι εξωτερικοί αξιολογητές το 2014 χαρακτήρισαν το σχετικό πρόγραμμα σπουδών ως υποδειγματικό για τη διδασκαλία των παραδοσιακών μουσικών διεθνώς.
Σταθερός στόχος για το Τμήμα Μουσικών Σπουδών, σε συντονισμό με τις στρατηγικές πολιτικές του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, είναι η διαρκής διεύρυνση και βελτίωση του προγράμματος σπουδών, ώστε να καλύπτει με επάρκεια το καθολικό γνωστικό αντικείμενο, να εμβαθύνει στην έρευνα και να μεγιστοποιεί τη διάχυση τόσο του καλλιτεχνικού όσο και του εν γένει ακαδημαϊκού του έργου. Τους σκοπούς αυτούς υπηρετούν δύο θεσμοθετημένα ερευνητικά εργαστήρια: Εργαστήριο Ψηφιακής και Έντυπης Τεκμηρίωσης της Ελληνικής Μουσικής (ΕΨΕΤΕΜ) και Εργαστήριο Βαλκανικής και Οθωμανικής Μουσικής, Ιστορίας και Πολιτισμών (ΕΒΟΜΙΠ).
Η εισαγωγή στο Τμήμα Μουσικών Σπουδών γίνεται με βάση ένα πλαίσιο ειδικών εξετάσεων, του οποίου οι όροι περιγράφονται στην Υπουργική Απόφαση Φ.253/23170/Α5 (ΦΕΚ B΄ 504/20.2.2019).
Η δομή του προγράμματος σπουδών είναι 5ετής και οργανώνεται με βάση το σύστημα ECTS και την ανάπτυξη μαθημάτων υποβάθρου και ειδίκευσης, προϊόντων των εξαμήνων. Το Τμήμα υποστηρίζει τη λογική των προαπαιτούμενων και εξαρτώμενων μαθημάτων, την προσφορά μαθημάτων επιλογής και την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας και πρακτικής άσκησης. Υποστηρίζει επίσης την λειτουργία εργαστηρίων, όπου υλοποιείται η εκπαιδευτική διαδικασία περί την καλλιτεχνική πράξη, είτε αυτή αφορά ατομικές μουσικές δεξιότητες, είτε σύνολα.
Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών υποστηρίζει διδακτορικές σπουδές (ΦΕΚ Β΄ 1431/24/4/2019), όπου το γνωστικό του πεδίο προσφέρει γόνιμο έδαφος έρευνας, είτε αυτοτελώς, είτε σε συνεργασία με άλλες ειδικότητες.
Οι πτυχιούχοι του Τμήματος Μουσικών Σπουδών καλύπτουν τις απαιτήσεις της παιδαγωγικής επάρκειας και εντάσσονται στον κωδικό ΠΕ79.01 προκειμένου για την δραστηριοποίησή τους στην δημόσια εκπαίδευση.