Στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων πραγματοποιείται έρευνα σε όλους τους τομείς και γνωστικά αντικείμενα που καλύπτονται από τα υπάρχοντα Τμήματα και Σχολές του Ιδρύματος.
Οι χρηματοδοτούμενες ερευνητικές δραστηριότητες συντονίζονται από την Επιτροπή Ερευνών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και διαχειρίζονται από τη Γραμματεία του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας. Η χρηματοδοτούμενη έρευνα περιλαμβάνει βασική και εφαρμοσμένη έρευνα στις Τεχνολογικές Επιστήμες, στις Θετικές Επιστήμες και τις Επιστήμες Υγείας, Αρχαιολογικές Μελέτες και Ανασκαφές, Λογοτεχνικές και Γλωσσολογικές Μελέτες, Οικονομικές και Κοινωνιολογικές Μελέτες, καθώς επίσης και Έρευνα στις Μεθόδους Εκπαίδευσης.
Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε διεπιστημονικά προγράμματα εφαρμοσμένης έρευνας που ενδιαφέρουν την ελληνική βιομηχανία, οικονομία και κοινωνία. Η έρευνα χρηματοδοτείται κατά κύριο λόγο από τα Κοινοτικά Πλαίσια Στήριξης (Α’, Β’, Γ’ ΚΠΣ, ΕΣΠΑ 2007-2013), μέσω των διαφόρων Επιχειρησιακών του Προγραμμάτων, από Προγράμματα Εδαφικής Συνεργασίας, από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (FP6, FP7, κλπ), καθώς και από τον ιδιωτικό τομέα.
Πολλά ερευνητικά προγράμματα διεξάγονται στο πλαίσιο διακρατικών συνεργασιών μεταξύ ομάδων του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και αντίστοιχων ομάδων Ιδρυμάτων, επιχειρήσεων και οργανισμών άλλων χωρών τόσο εντός όσο και εκτός της Ευρωπαϊκής Ένωσης.