To Μουσείο Εκμαγείων ανήκει στον Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής (ΠΔ 89/3.2.1977) και στεγάζεται στο ισόγειο του κτηρίου δίπλα στο Αμφιθέατρο «Δάκαρη». Η πρώτη συλλογή αντιγράφων από αντιπροσωπευτικά δείγματα της αρχαίας ελληνικής γλυπτικής δημιουργήθηκε το 1967. Τα γλυπτά της Συλλογής είναι ακριβή αντίγραφα γλυπτών της αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής εποχής από το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, από το Μουσείο Ακροπόλεως και το Μουσείο του Κεραμεικού της Αθήνας. Εκτός από τα αντίγραφα γλυπτών έργων, η Συλλογή περιλαμβάνει και πρωτότυπα αρχαιολογικά αντικείμενα, αντιπροσωπευτικά των κατηγοριών της κεραμικής και της μικροτεχνίας, όπου το υλικό κατασκευής, ο πηλός, ή ο λίθος για την κατηγορία των εργαλείων, έχουν ιδιαίτερη σημασία. Η Συλλογή διαθέτει επίσης αποσπασματικά διατηρημένα αγγεία, σε κατάσταση οστράκων, που αντιπροσωπεύουν ειδικές κατηγορίες αγγειογραφίας από τη Μυκηναϊκή περίοδο έως τους ύστερους ελληνιστικούς χρόνους.
Στο πλαίσιο σεμιναριακών- φροντιστηριακών μαθημάτων, οι φοιτητές ασκούνται στις μεθόδους προσέγγισης της μορφής των μνημείων μέσα από τα ακριβή αντίγραφα (περιγραφή, αναγνώριση, μελέτη κ.ά.), ενώ έρχονται σε άμεση επαφή με το υλικό κατασκευής των αρχαίων αντικειμένων, εξασκούμενοι στην ταξινόμηση, καταλογογράφηση, μελέτη και χρονολόγηση πρωτότυπου αρχαιολογικού υλικού, στην αρχαιολογική φωτογραφία και στο σχέδιο.