Το Γραφείο Διαμεσολάβησης του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων πρωτολειτούργησε το 1996. Tο 2005-2008 χρηματοδοτήθηκε από το ΕΤΠΑ – Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (70%) και Εθνικούς Πόρους (30%) του Υπουργείου Ανάπτυξης.
Τον Δεκέμβριο του 2010, εντάχθηκε στην Γραμματεία του Ειδικού Λογαριασμού Έρευνας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και μεταφέρθηκε στο κτήριο που στεγάζεται η Επιτροπή Ερευνών.